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生命密码,想懂你多一点

发布时间:2016-08-22 04:36  来源:汇视网   编辑:牧晓  阅读量:8493   

■今天视点

本报记者 张梦然

近期公布的几组研究报告显示,科学家们正以史无前例的力度考核人类的遗传变异。其中在一项关于人类基因组外显子组(卵白质编码区)的深度分析中,研究人员提供了迄今为止有关该区域最整体的遗传变异记载;而在另外一项研究中,科学家们改良了对基因变体的解读。

基因组分析 外显子组抢先

简单来讲,外显子组就是遗传代码中卵白质编码的组分,占全部基因组的1%到2%。关于基因测序仪来讲,每测一次只能读取必定命量的碱基,而通过外显子组测序,科学家就能够以更快的速度生成更多碱基。所以与全基因组对比,它也能够用更低的本钱取得更好辨别率的结果。

除效率因素以外,还有一个重要缘由是,目前人们对外显子组的解读能力显著强于对全基因组的解读。全基因组测序产生的海量数据包含了非编码碱基、构造和单倍型相位信息,但如今大大部分核苷酸的用处依然成谜。换句话说,外显子组所不具有的,恰好是目前掌控力缺乏的部分。

所以,当全基因组分析的本钱、效率、难易水平都赶不上外显子组时,后者在解读“生命密码”领域依然魅力不凡。

最整体记载 史无前例精致

此次,美国哈佛—麻省理工博德研究所丹尼尔·麦克阿瑟参加了人类外显子组整合数据库(ExAC)的项目,他与同事们分析了60706位被试者的外显子组测序数据,这些被试者来自包含欧洲、非洲、南亚、东亚和拉美在内的不一样地理人口系谱。研究中发现了约740万个遗传子多态,对人类低频卵白质编码多态的分析,其辨别率达到史无前例的水平。

麦克阿瑟团队通过火析该数据集来表征全球遗传变异的形式,在较小的遗传变异数据集上达到了此前没办法完成的辨别率,遗传变异密度令他们得以在同一名点辨别多重序列多态,而数据集的规模则令团队初次取得一些有关疾病复发突变的发现,这篇论文发表在最新一期《自然》杂志上,其研究结果有助于从临床上发现与人类疾病有关的遗传变异。

人类外显子组整合数据库项目提供了一个可公布获得的参照数据库,事实已证实这是一个有效的临床工具,可用于评价潜在的孟德尔遗传病(单基因病)的致病基因多态,其中一些多态在人口中的广泛水平使人难以置信。论文作者们分析了过往研究所报告的192个此类多态,结果发现,仅9个有充分的数据表示其与疾病有关。

是技术成绩 也是政治成绩

与此同时,在一篇发表于《医学遗传学》杂志的论文中,英国帝国理工学院罗迪·沃什与同事们评价了一种最罕见的严重孟德尔病——心肌病的遗传变异情形。心肌病体现为心肌伤害引发心脏扩展,最后发展故意力弱竭,但病发缘由一直以来都不长短常明白。此次研究发现,之前以为与特定心肌病有关的很多基因和基因多态,也许并没有关系。可是,目前利用ExAC项目已能够显著改良对基因变体的解读。

在发表于《自然·遗传学》杂志上的另外一篇论文中,美国西奈山伊坎医学院道格拉斯·鲁德夫与同事们也分析了ExAC项目数据集内罕见的拷贝数变异(CNV)。这是一种基因组构造变异,通常由基因组产生重排而致使,是人类疾病的重要致病因素之一,对其开展研究分析,将加深人们对相符孟德尔遗传规律的单基因病与罕见疾病的了解。

一直以来都有研究设法记载外显子组内的遗传变异,而人类外显子组整合数据库是其中规模最大最整体的一个项目。在本期《自然》杂志随着的新闻与概念文章中,华盛顿大学杰·森德鲁总结道,ExAC项目主要针对的是各类罕见疾病的遗传问题,其既是一项技术成绩,也是一项政治成绩,不只曾面对数据争议,也是研究者、审批允许和14余项研究之间的角力。

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